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Une boîte à outils pour objets numériques

Des chercheurs du Mount Sinaï, en collaboration avec un consortium international de collègues, ont développé une nouvelle boîte à outils permettant aux scientifiques d’évaluer la facilité avec laquelle les objets numériques générés à la suite de leurs projets de recherche peuvent être utilisés par d’autres équipes de recherche.

Les résultats de ces recherches, publiés dans le numéro de la revue scientifique Cell Systems du 30 octobre dernier, s’appliquent aux objets numériques, notamment les jeux de données, les logiciels, le code source et les autres produits développés par les scientifiques et susceptibles d’être utiles au monde de la recherche.

« L’objectif est d’améliorer la gestion des données dans la recherche biomédicale, en partageant et en réutilisant les données de ces projets pour en tirer une valeur maximale, a déclaré Avi Ma’ayan, directeur du Centre de bioinformatique du Mont Sinaï. Si les bailleurs de fonds, les chercheurs et d’autres parties prenantes ont reconnu que nous devions améliorer la gestion des données dans la recherche biomédicale, la voie à suivre n’était pas claire », a-t-il ajouté. L’équipe espère que les chercheurs biomédicaux utiliseront la boîte à outils pour évaluer leurs travaux, de manière à être plus conscients des mesures simples qu’ils peuvent prendre pour améliorer la convivialité de leurs objets numériques.

En 2017 et 2018, le National Institutes of Health (NIH), une agence du Département de la santé des États-Unis, a financé un projet-pilote dont l’objectif était de mettre au point des moyens capables d’améliorer le partage d’objets de recherche numériques dans un environnement en nuage.

Pour mettre en place un tel environnement virtuel, les chercheurs devaient élaborer des normes et une plate-forme aidant les scientifiques à adhérer aux directives FAIR (identifiables, accessibles, interopérables et réutilisables) précédemment établies par les membres du consortium.

L’équipe du Mount Sinaï a mis au point des métriques et des grilles d’évaluation pour mesurer le degré de fidélité, mais elle a reconnu que ces métriques et ces grilles peuvent ne pas s’appliquer de la même manière à tous les domaines de recherche. Elle a donc créé la boîte à outils, appelée FAIRshake. Cette boîte à outils comprend des outils manuels et automatisés d’évaluation de la fidélité, qui posent des questions telles que la suivante : « L’objet numérique a-t-il des métadonnées lisibles par machine ? ». La boîte à outils a été testée sur des milliers d’objets numériques et l’équipe a posté des tutoriels sur Youtube illustrant l’utilisation de FAIRshake.
https://www.mountsinai.org